这里是充满了日本风情的偏僻乡村——霞高原町，俗称“霞之里”。在村里有两所极其特殊的忍者院。一天，有一男一女来到了这个村子，男的是为了逃债而来到“私立志能备学园”当老师的万里小路隼人，可是他并不知道这是一所忍者学校，而另一个就是故事主角，为了自己憧憬的女忍者生活与仰慕的忍者老师“市川电藏”而来的可爱女孩子日向向日葵。向日葵转校的第一天，遇上了新上任的万里小路隼人老师，产生了一见钟情的感觉，于是向日葵就把他当成了自己的真命天子。